มัสยิดหลังนี้ถูกสร้างในรัชสมัยของสุลต่านลองยูนุสเป็นผู้สร้าง ประมาณปีฮิจเราะห์ ๑๑๔๒ ตรงกับพุทธศักราช ๒๒๖๕ สมัยอยุธยาตอนปลาย เหตุที่ก่อสร้างไม่เสร็จเนื่องจากเกิดสงครามแย่งชิงราชสมบัติระหว่างสุลต่านลองยูนุสกับระตูปะกาลัน ซึ่งเป็นพระอนุชาของพระองค์ หลังจากสุลต่านลองยูนุสสิ้นพระชนม์ ระตูปุยุดได้รับตำแหน่งสุลต่านเมืองตานีคนต่อมา และได้ย้ายศูนย์การปกครองเมืองตานีไปตั้งอยู่ ณ บ้านปูยุด ปัจจุบันอยู่ในเขตท้องที่ตำบลปูยุด อ. เมืองปัตตานี บริเวณที่ตั้งวังของระตูปุยุดยังคงปรากฏเป็นร่องรอยกำแพงอยู่จนบัดนี้ มัสยิดจึงไม่มีผู้ใดคิดสร้างหรือต่อเติมหรือบูรณะขึ้นมาใหม่ยังคงทิ้งให้รกร้างว่างเปล่าตั้งแต่นั้นมา
